بر اساس آخرین نسخه ژانویه ۲۰۱۹رتبه‌بندی جهانی وبومتریکس، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی جزو ۱۰دانشگاه برتر ایران بر اساس استنادات قرار دارد. این دانشگاه با تعداد ۸۹۰۰۹استناد رتبه دوم را در میان دانشگاه‌های علوم پزشکی کشور و رتبه سوم را در میان دانشگاه‌های کشور به خود اختصاص داد.

 رتبه‌بندی جهانی وبومتریکس یک نظام رتبه‌بندی است که به ارزیابی حضور علمی، پژوهشی و آموزشی دانشگاه‌ها در وب می‌پردازد؛ مبنای این رتبه‌بندی بر اساس چهار شاخص تعداد صفحات وب دانشگاه در گوگل (شاخص Presence)، تعداد ارجاع یا لینک‌های برقرار شده (شاخص Visibility)، تعداد استنادات (شاخص Openness)، تعداد مقالات کیفی در سایت سایماگو SCImago (شاخص Excellence) است.

 شاخص میزان صفحات حاضر در گوگل ۵درصد وزن دارد. در این بخش اندازه تعداد صفحات وب و تمام زیر دامنه‌ها، میزان اشتراک‌گذاری وب (مرکزی یا اصلی) و فایل‌های اسنادی مانند در نظر گرفته می‌شود. شاخص دید که همان ارجاعات و لینک‌های برقرار شده را دربرمی گیرد ۵۰درصد وزن را به خود اختصاص می‌دهد. شاخص شفافیت یا OPENNESSنیز تعداد استنادات نویسندگان برتر با توجه به منبع را در نظر می‌گیرد. وزن این شاخص ۱۰درصد است اما یادآور شده است که برای اطلاعات بیشتر می‌توان به گوگل اسکولار Google Scholarمراجعه کرد.

 شاخص مقالات باکیفیت یا شاخص Excellence نیز به تعداد مقالات کیفی دانشگاه در بین ۱۰درصد مقالات پر استناد در موضوع مربوطه در سایت سایماگو SCImago در ۲۶رشته و در بازه زمانی پنج ساله (۲۰۱۲-۲۰۱۶) اختصاص دارد. وزن این شاخص نیز ۳۵درصد است.

  از سال ۲۰۰۴، رتبه‌بندی وب یا (Webometrics Ranking) دو بار در سال منتشر می‌شود و بیش از ۲۷هزار موسسه آموزش عالی در سراسر جهان را پوشش می‌دهد. در میان یک هزار دانشگاه برتری که با میزان استنادات مرتب‌شده‌اند، رتبه‌ای اعلام نشده است و تنها بر اساس بیشترین استنادات مرتب شده‌اند، حدود ۲۰دانشگاه ایرانی در میان هزار دانشگاه برتر دنیا قرار دارند.

 جدول ۱۰دانشگاه برتر ایران از منظر رتبه‌بندی وبومتریکس بر اساس استنادات (CITATIONS)

همچنین دانشگاه تبریز، دانشگاه علوم پزشکی تبریز، دانشگاه شیراز، دانشگاه علوم پزشکی شیراز، دانشگاه بوعلی سینا همدان، دانشگاه اصفهان، دانشگاه صنعتی نوشیروانی بابل، دانشگاه کاشان، دانشگاه فردوسی مشهد و دانشگاه یزد جزء رده‌های یازدهم تا بیستم قرار دارند.