نتایج ارزشیابی پژوهشی دانشگاه‌های علوم پزشکی کشور در سال ۹۷توسط معاونت تحقیقات و فن‌آوری وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی اعلام شد و دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی با رشد قابل توجه نسبت به سال قبل در جایگاه دوم کشور قرار گرفت.

بر اساس گزارش معاون تحقیقات و فن‌آوری وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی با ۱۴۳۵امتیاز در جایگاه دوم ارزشیابی پژوهشی دانشگاه‌های علوم پزشکی کشور قرار گرفت این در حالی است که دانشگاه علوم پزشکی تهران با ۲۰۳۹و دانشگاه علوم پزشکی مشهد با ۹۲۰امتیاز جایگاه‌های اول و سوم را کسب کردند. 

 دکتر افشین زرقی معاون تحقیقات و فن‌آوری دانشگاه گفت: دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی در بخش تولیدات علمی با تولید ۴۱۹۵مقاله معتبر (بیش از دو برابر دانشگاه سوم کشور) از رشد ۳۶درصدی نسبت به سال ماقبل خود برخوردار بوده است.

 وی گفت: دانشگاه در بخش مقالات منتشره با همکاری‌های بین‌المللی با ۶۴۹مقاله و ۸۶۰مقالهQ۱به ترتیب رشد ۷۵درصدی و ۶۲/۸درصدی را نسبت به سال گذشته خود کسب کرده است.

 معاون تحقیقات و فن‌آوری دانشگاه بابیان اینکه سرانه مقاله به ازای هر عضو هیئت‌علمی به عدد ۳رسیده که نسبت به سال گذشته ۴۱درصد افزایش داشته است، گفت:  شاخص استنادات از ۱۳۰۹۱به ۱۸۵۳۱استناد رسیده که رشدی حدود ۴۱/۵درصدی داشته و حکایت از افزایش کیفیت پژوهشی در کنار شاخص‌های کمی دارد. 

 به گفته وی در شاخص تحقیقات دانشجویی و نیروی انسانی پژوهشگر (پزشک پژوهشگر،  Ph.D by Research و پسادکترا) دانشگاه موفق به کسب رتبه اول کشوری شده است.

 رتبه‌بندی ارزیابی پژوهشی دانشگاه‌های علوم پزشکی کشور که همه‌ساله توسط وزارت بهداشت انجام می‌گیرد در محورهای تولید علم شامل برونداد پژوهشی ( تعداد مقالات نمایه شده در پایگاهISI، Pub med و Scoup)، مقالاتQ۱، مقالات منتشرشده دانشگاه با همکاری بین‌المللی، رهبری در پژوهش، سرانه مقاله به ازای هیئت‌علمی، تعداد استنادات دانشگاه در چهار سال اخیر و نیز در محورهای تحقیقات دانشجویی، اخلاق پژوهش، زیرساخت‌های پژوهشی و نیروی انسانی پژوهشگر به مقایسه دانشگاه‌های علوم پزشکی کشور می‌پردازد.